2次元ガウス分布のグラフの作成
@anemptyarchive
2022/02/06
多次元ガウス分布の定義式
多次元ガウス分布は、次の式で定義される確率分布です。
\[ \mathcal{N}(\mathbf{x} | \boldsymbol{\mu}, \boldsymbol{\Sigma}) = \frac{ 1 }{ (2 \pi)^{\frac{D}{2}} |\boldsymbol{\Sigma}|^{\frac{1}{2}} } \exp \left\{ - \frac{1}{2} (\mathbf{x} - \boldsymbol{\mu})^{\top} \boldsymbol{\Sigma}^{-1} (\mathbf{x} - \boldsymbol{\mu}) \right\} \]
- \(D\)：次元数
- \(\mathbf{x}\)：確率変数の値
- \(\boldsymbol{\mu}\)：平均ベクトル
- \(\boldsymbol{\Sigma}\)：分散共分散行列
2次元のグラフで表現するため\(D = 2\)とすると、それぞれ次の形状になります。
\[ \mathbf{x} = (x_1, x_2) ,\ \boldsymbol{\mu} = (\mu_1, \mu_2) ,\ \boldsymbol{\Sigma} = \begin{pmatrix} \sigma_1^2 & \sigma_{1,2} \\ \sigma_{2,1} & \sigma_2^2 \end{pmatrix} \]
- \(\sigma_1^2\)：\(x_1\)の分散：\(\sigma_1^2 > 0\)
- \(\sigma_2^2\)：\(x_2\)の分散：\(\sigma_2^2 > 0\)
- \(\sigma_{1,2} = \sigma_{2,1}\)：\(x_1, x_2\)の共分散
この2次元ガウス分布のグラフを作成します。
利用パッケージ
利用するパッケージを読み込みます。
mvnfastは、多次元ガウス分布に関するパッケージです。
格子点の作成
等高線図を描画するのに格子状の点を利用します。
作図の前に、格子点の作成方法を確認します。
値の作成
seq()で、x軸とy軸の値を作成します。
# x軸の値を作成
x_vals <- seq(from = 1, to = 5, by = 1)
# y軸の値を作成
y_vals <- seq(from = 11, to = 15, by = 1)
x_vals; y_vals## [1] 1 2 3 4 5## [1] 11 12 13 14 15seq()で数列を作成- 第1引数
from：最小値 - 第2引数
to：最大値 - 第3引数
by：値の間隔
- 第1引数
第1引数(from)から第2引数(to)までの値を第3引数(by)に指定した間隔で作成します。
データフレームに格納
作成した値をデータフレームに格納します。
## # A tibble: 5 x 2
## x y
## <dbl> <dbl>
## 1 1 11
## 2 2 12
## 3 3 13
## 4 4 14
## 5 5 15 ggplot2パッケージで作図するには、作図に用いる値をデータフレームにしておく必要があります。
散布図の作成
散布図を作成して値を確認します。
# 散布図を作成
ggplot() +
geom_point(data = x_vals_df, mapping = aes(x = x, y = y)) + # 散布図
scale_x_continuous(breaks = x_vals) + # x軸目盛
scale_y_continuous(breaks = y_vals) + # y軸目盛
labs(title = "seq()")
geom_point()で散布図を描画
格子点に変換
expand.grid()で、格子点を作成します。
# 格子点を作成
x_grid_df <- expand.grid(
x = x_vals, # x軸の値
y = y_vals # y軸の値
)
head(x_grid_df); tail(x_grid_df)## x y
## 1 1 11
## 2 2 11
## 3 3 11
## 4 4 11
## 5 5 11
## 6 1 12## x y
## 20 5 14
## 21 1 15
## 22 2 15
## 23 3 15
## 24 4 15
## 25 5 15expand.grid()で格子点(直交する点)を作成列名 = 値として指定- 引数に指定した値の全ての組み合わせを持つデータフレームを出力
各行が1つの点に対応し、「x_valsの要素数」掛ける「y_valsの要素数」個の点(組み合わせ)ができます。2つのベクトルの要素数が同じである必要はありません。
格子点の確認
作成した点を確認します。
# 散布図を作成
ggplot() +
geom_point(data = x_grid_df, mapping = aes(x = x, y = y)) + # 散布図
scale_x_continuous(breaks = x_vals) + # x軸目盛
scale_y_continuous(breaks = y_vals) + # y軸目盛
labs(title = "expand.grid()") # ラベル
x_vals, y_valsの全ての組み合わせになっているのを確認できます。
2次元ガウス分布の設定と計算
格子点の確認ができたので、2次元ガウス分布の作図を行います。
まずは、分布の設定を行い、確率密度を計算します。
点の設定
作図に利用する\(\mathbf{x} = (x_1, x_2)\)の値を作成します。
# xの値を作成
x_vals <- seq(from = -5, to = 5, length.out = 51)
# xの点を作成
x_points <- expand.grid(x1 = x_vals, x2 = x_vals) %>%
as.matrix()
head(x_points)## x1 x2
## [1,] -5.0 -5
## [2,] -4.8 -5
## [3,] -4.6 -5
## [4,] -4.4 -5
## [5,] -4.2 -5
## [6,] -4.0 -5 seq()で\(x_1, x_2\)の値を作成して、x_valsとします。等高線が粗い(点の数が少ない)場合や処理が重い(点の数が多い)場合は、この設定を調整してください。
expand.grid()で\(\mathbf{x}\)の値(組み合わせ)を作成して、x_pointsとします。ただし、確率密度の計算時ために、as.matrix()でデータフレームからマトリクスに変換しておきます。
パラメータの設定
平均ベクトル\(\boldsymbol{\mu}\)と分散共分散行列\(\boldsymbol{\Sigma}\)を作成します。
\(\boldsymbol{\mu}\)の値を指定してmu_dとします。
\(\boldsymbol{\Sigma}\)の値を指定してsigma_ddとします。matrix()に\((\sigma_1^2, \sigma_{2,1}, \sigma_{1,2}, \sigma_2^2)\)の順に値を指定します。
分布の計算
設定したパラメータを使って確率密度を計算します。
# 2次元ガウス分布を計算
dens_df <- tibble(
x1 = x_points[, 1], # x軸の値
x2 = x_points[, 2], # y軸の値
density = mvnfast::dmvn(X = x_points, mu = mu_d, sigma = sigma_dd) # 確率密度
)
head(dens_df)## # A tibble: 6 x 3
## x1 x2 density
## <dbl> <dbl> <dbl>
## 1 -5 -5 2.21e-12
## 2 -4.8 -5 5.89e-12
## 3 -4.6 -5 1.51e-11
## 4 -4.4 -5 3.71e-11
## 5 -4.2 -5 8.76e-11
## 6 -4 -5 1.99e-10mvnfastパッケージのdmvn()で多次元ガウス分布の確率密度を計算できます。- 変数の引数
Xにx_points - 平均ベクトルの引数
muにmu_d - 分散共分散行列の引数
sigmaにsigma_dd
- 変数の引数
を指定します。
\(x_1, x_2\)の値と、対応する確率密度(計算結果)をデータフレームに格納します。
2次元ガウス分布の作図
分布の設定と計算ができたので、2次元ガウス分布のグラフを作成します。
まずは、散布図による可視化
# 散布図を作成
ggplot() +
geom_point(data = dens_df, mapping = aes(x = x1, y = x2, color = density, alpha = density)) + # 散布図
labs(title = "geom_point()") # ラベル
geom_point()で散布図を描画color引数：点の色alpha引数：透過度
それぞれの引数にdensity列を指定して、確率密度に応じて点ごとに色と濃淡を付けます。
では、等高線図による可視化
# 等高線図を作成
ggplot() +
geom_contour(data = dens_df, mapping = aes(x = x1, y = x2, z = density, color = ..level..)) + # 等高線図
labs(title = "geom_contour()") # ラベル
geom_contour()で等高線図を描画z引数：z軸の値color引数：等高線の色..level..を指定するとz引数の値に応じて色付け
先ほどの散布図に関して、確率密度が同じ点を線で結んだイメージです。
最後に、図の装飾
# 2次元ガウス分布を作図
ggplot() +
geom_contour(data = dens_df, mapping = aes(x = x1, y = x2, z = density, color = ..level..)) + # 等高線図
coord_equal() + # アスペクト比
labs(title = "Multivariate Gaussian Distribution",
subtitle = paste0("mu=(", paste(mu_d, collapse = ", "), ")",
", lambda=(", paste(sigma_dd, collapse = ", "), ")"),
x = expression(x[1]), y = expression(x[2]),
color = "density") # ラベル
Enjoy!